La localidad lleva el nombre de Charles Robert Darwin, naturalista e investigador inglés al que se considera parte del Evolucionismo. En 1831, a bordo del Beagle recorrió las costas de la Patagonia, Tierra del Fuego e islas del Pacífico.
La estación ferroviaria de Darwin fue inaugurada el 30 de junio de 1898, con el nombre de Choele Choel. Un año más tarde, el 1 de julio de 1899 quedó librada al servicio público de la línea que unía Bahía Blanca con Neuquén.
La intensificación del comercio y la producción en la isla de Choele Choel, motivó a las autoridades del Ferrocarril Sud a construir, en 1908, una nueva estación ferroviaria que, curiosamente, recibió el nombre de estación Darwin. De esta forma, Darwin era la estación ferroviaria del pueblo e isla de Choele Choel, y en los alrededores de la estación Choele Choel el naciente caserío recibía el nombre de pueblo de Darwin.
Los inconvenientes y dificultades ocasionadas en la recepción de mercadería y correspondencia motivaron a los vecinos a solicitar un cambio de nombres. La confusa situación fue solucionada mediante un decreto del 18 de mayo de 1911, en el cual se resuelve que "la estación Choele Choel se denominará en adelante Darwin, y ésta Choele Choel".