Cipolletti fue fundada el 3 de octubre de 1903, por el entonces Coronel Fernandez Oro, con la intención de establecer un fuerte en la confluencia de los ríos Limay y Neuquén. Se le dio el nombre de Colonia Lucinda, y más tarde, en 1909 recibió el nombre de Cipolletti porque así se llamaba la estación de ferrocarril que funcionaba en la ciudad desde 1904.
Debe su nombre al ingeniero hidráulico Cesar Cipolletti quien realizó estudios hídricos no sólo en esta zona sino también en Mendoza. Las investigaciones de este ingeniero dieron lugar al sistema de riego que hoy sostiene la producción de todo el Valle del río Negro.
La ciudad de Cipolletti comenzó con un primer caserío alrededor del apeadero y obrador ferroviario, creciendo hasta constituirse en un importante centro de servicios para la estructura productiva local (fruticultura). Actualmente cuenta con 75.000 habitantes.
En la ciudad convergen ríos y rutas, conviertiéndolo en el paso obligado para movilizarse en la zona y favoreciendo su poderío económico y crecimiento. Cuenta con hotelería y gastronomía de muy buen nivel, así como un importante movimiento turístico, dentro de lo que se ofrecen recorridos por los galpones de empaque, sidreras y museos históricos.
A 8 km de la ciudad se encuentra la isla Jordán importante centro recreativo donde también se puede acampar. Cruzando el río por balsa se accede a la margen sur del río Negro donde se encuentra el complejo Playaventura, y desde allí se puede visitar Las Perlas, comunidad de unos 800 habitantes, que depende del Municipio de Cipolletti realizando alrededor de 10 km costeando el río.
La confluencia de los ríos Limay y Neuquén origina islas con abundante vegetación, que son refugio de numerosas especies de patos, cisnes de cuello negro, garcitas y otras aves canoras.
En este punto, el valle de origen aluvional alcanza un ancho aproximado de 7 kilómetros con importantes cortinas de álamos que protegen a los cultivos de frutales regados a través de un sistema de canales.
Los ríos Negro y Limay ocupan una falla geológica recostándose sobre la margen sur, de allí que el valle tiene mayor desarrollo al norte, donde se localiza la ciudad de Cipolletti, de 75.000 habitantes, y más al oeste Neuquén capital, con más de 250.000 habitantes.