La Ruta Nacional Nº 3 recorre toda la Patagonia en sentido norte-sur, manteniéndose siempre cercana a la costa. Esta ruta encuentra la Ruta Provincial Nº 2 a la altura del itsmo Carlos Ameghino. Se debe tomar esta ruta hacia el este para entrar a la Península. En ómnibus, avión, o auto, el punto de partida para llegar a esta Reserva Natural suele ser Puerto Madryn, que cuenta con todos los servicios de comunicación: puerto, aeropuerto y agencias de turismo.
Desde Puerto Madryn, en temporada de ballenas (junio a diciembre) vale la pena hacer un primer tramo por la Ruta Provincial Nº 4 -de ripio- aprovechando la oportunidad para un primer avistaje costero de ballenas en la playa El Doradillo, considerada área natural de reproducción.
Tras haber andado 77 kilómetros se llega al itsmo Carlos Ameghino, puerta de entrada a la Reserva Faunística Integral Península Valdés. Unos 25 kilómetros más adelante se llega a la aldea turística Puerto Pirámides, desde donde se realizan los avistajes de la Ballena Franca a bordo de embarcaciones preparadas para ese fin.
A 5 km de allí se encuentra la Lobería de Punta Pirámides, un apostadero de lobos marinos de un pelo durante la época de reproducción y cría, que es entre diciembre y marzo.
También desde Puerto Pirámides se puede ir hacia Caleta Valdés, un apostadero de elefantes marinos, y a Punta Norte, con lobos y elefantes marinos; transitando por caminos de ripio en un radio de 75 km aproximádamente.
A sólo una hora de Puerto Madryn, este recorrido insume 400 kilómetros entre ida y vuelta. Se sale de Madryn hacia el norte por la Ruta Provincial Nº 1, empalmando luego de 17 kilómetros con la Nº 2, siempre por asfalto. En todo el viaje no olvide que aquí se encuentra recorriendo uno de los pocos lugares del mundo que conserva intactas las características que hace más de 160 años fueron el asombro de Charles Darwin.