Por lo general, dos son los motivos del nacimiento de las ciudades costeras, como playa turística o como puerto pesquero y comercial. Puerto Deseado se remite a esta última, ya que desde el siglo XVI la Ría de Puerto Deseado fue utilizada como fondeadero de antiguas naves que surcaban los mares australes.
El desarrollo de la localidad a través del puerto constituyó una larga lucha de los habitantes de este lejano suelo. En 1928 se concreta el puerto, inaugurando así una etapa que marcaría un rumbo bien definido.
A lo largo de la historia de la ciudad se encuentran períodos de gran movimiento, donde el puerto importó materiales para la actividad petrolera de la región y también sirvió de apoyo a la ganadería. De este modo, trasladó ganado en pie para ser manufacturado en el frigorífico C.A.P. o para la explotación de lana y carnes.
A partir de 1983, el auge de la pesca en la zona patagónica y promociones especiales para el sector, permitieron la reactivación progresiva del puerto.
Como resultado, la actividad portuaria constituye uno de los principales pilares de la economía deseadense de ayer y hoy.
Su estratégica ubicación, sus condiciones naturales, el creciente movimiento portuario y el futuro previsto para el puerto, motivo que el Gobierno Provincial haya ampliado 216 metros del muelle, haciendo un total de 740 metros.
En el lugar se encuentra también un importante complejo de servicios y reparaciones navales con dique seco, que brinda una eficiente atención a la flota marítima que llega hasta Puerto Deseado.
Es un puerto natural, multipropósito, de preponderante actividad pesquera, apto para buques mercantes, portacontenedores, cruceros turísticos y pesqueros, entre otras embarcaciones.
El puerto es de uso público, al ser de propiedad de la provincia de Santa Cruz. Y es administrado y explotado por la Unidad Ejecutora Portuaria de Santa Cruz (UN.E.PO.S.C.).
En él operan cargas y buques de pesca, carga general y carga frigorífica, y en actividad permanentemente creciente, contenedores, pertenecientes a tráficos de Ultramar y de Cabotaje.